■傷を負いながらも、ワームホール航法でガニメデ宙域まで逃げてきたビルキスを待っていたのは、IEO支配下にあるガニメデ基地から言い渡された反逆罪だった。頼みの綱とのセルゲイとも連絡が取れず、困り果てるマリオたち。■さらに追い討ちをかけるようかのように、行方不明だったレミィから連絡が入る。しかもセルゲイの専用通信を使って。
■レミィはセルゲイのもとにいた。彼女はこの世界に異を唱えるテロリストの一員で、シャフトやリングのデータを秘密裏にセルゲイに送っていたのだ。セルゲイがすべてを裏で操る黒幕だったのだ。彼はテロリストのリーダーでありながら、元老院をもたぶらかして、Sミッションを発動。ガニメデの巨人のデータを解析しながら、革命のタイミングをはかっていたのだ。
■しかし、彼の本当の目的はただ単にこの世界を変えるだけではなかった。すべてを知ったレミィは、自分もまたセルゲイの駒でしかなく、騙されていたことに気付く。そのレミィにもセルゲイの魔の手が。
■完全に孤立したビルキス。そして、信じるものに裏切られたミール。
■何も知らない地球艦隊は、セルゲイの思惑通り、元老院の指示でビルキス討伐に向かう。かくして革命が始まった。

脚本：浅川美也　 絵コンテ：石踊宏 演出：佐藤英一 作画監督：江口摩吏介